在分子蒸餾設備中，使部分汽化的液相與部分冷凝的氣相直接接觸，以進行汽液相際傳質，結果是氣相中的難揮發組分部分轉入液相，液相中的易揮發組分部分轉入氣相，也即同時實現了液相的部分汽化和汽相的部分冷凝。把液體置于密閉的真空體系中，液體分子繼續不斷地溢出而在液面上部形成蒸氣，zui后使得分子由液體逸出的速度與分子由蒸氣中回到液體的速度相等，蒸氣保持一定的壓力。此時液面上的蒸氣達到飽和，稱為飽和蒸氣，它對液面所施的壓力稱為飽和蒸氣壓。實驗證明，液體的飽和蒸氣壓只與溫度有關，即液體在一定溫度下具有一定的蒸氣壓。

 

    如果加熱前忘了加入助沸物，補加時必須先移去熱源，待加熱液體冷至沸點以下后方可加入。如果沸騰中途停止過，則在重新加熱前應加入新的助沸物。因為起初加入的助沸物在加熱時逐出了部分空氣，再冷卻時吸附了液體，因而可能已經失效。則蒸餾時液體的沸點會逐漸升高或者由于兩種或多種物質組成了共沸點混合物，在蒸餾過程中溫度可保持不變，停留在某一范圍內。分子蒸餾設備為了提高分離效率,往往需要采用多級串聯使用，即離心薄膜式和轉子刷膜式，前一種體系的處理量大，適用于工業，不管何種形式的分子蒸餾 ,其原理都是相同的。